"Kaname Madoka và cô bạn thân Miki Sayaka là những học sinh cấp 2 bình thường tại thành phố Mitakihara. Một ngày nọ, họ cứu được một sinh vật bí ẩn nhìn giống mèo gọi là Kyubey. Kyubey nói sẽ ban cho họ một điều ước bất kỳ, đổi lấy việc họ sẽ trở thành Ma pháp thiếu nữ, chiến đấu lại Ma nữ độc ác bảo vệ thế giới. Trong khi Tomoe Mami, một Ma pháp thiếu nữ dày dạn kinh nghiệm trong khu vực đang hướng dẫn cho Madoka và Sayaka cách chiến đấu với Ma nữ thì một cô bạn mới chuyển trường là Akemi Homura xuất hiện, cảnh báo họ đừng lập giao ước với Kyubey. Sau khi chứng kiến sự tàn khốc trong trận chiến với Ma nữ, Madoka và Sayaka đã quyết định từ chối lời đề nghị. Nhưng sự việc đã leo thang nhanh chóng khi Sayaka đổi ý, quyết định lập giao ước để giúp cho người bạn thân của mình. Các Ma pháp thiếu nữ rốt cuộc đã phải đánh đổi điều gì?"