Ultraman Saga mở đầu bằng một viễn cảnh tận thế đầy ấn tượng về Tokyo, các tòa nhà bị phá hủy và thành phố dường như không còn sự sống. Chúng ta nhanh chóng được giới thiệu với Lực lượng Phòng vệ Trái đất (EDF), Đội U (do các thành viên của nhóm nhạc thần tượng nữ AKB48 thủ vai). Họ cùng một nhóm trẻ em và những người sống sót cuối cùng trên hành tinh Trái đất sau khi thế giới bị xâm lược bởi người ngoài hành tinh Dơi độc ác, phần còn lại của dân số loài người đã bị bắt cóc.